依據「行政院洗錢防制辦公室設置要點」第1條規定，本辦公室之成立目標為「提升我國洗錢防制及打擊資恐效能，並督導統籌亞太防制洗錢組織第三輪相互評鑑籌備作業」。

另依據同要點第2點規定，本辦公室之任務如下：

(一)統籌我國洗錢防制與打擊資恐政策及執行策略。

(二)執行我國洗錢防制及打擊資恐風險評估。

(三)督導統籌亞太防制洗錢組織第三輪相互評鑑國家報告、現地評鑑及對外協調事宜。

(四)督導各政府機關(構)、私法人、團體或機構進行機構風險評估。

(五)推動洗錢防制與打擊資恐國內外宣導及教育訓練。

(六)參與亞太防制洗錢組織年會並舉辦相關會議。

(七)其他與我國洗錢防制、打擊資恐及亞太防制洗錢組織第三輪相互評鑑相關事宜。